Nextstrain: una herramienta que analiza la epidemiología molecular del SARS-CoV-2

La preocupación mundial por la COVID-19, como una amenaza global para la salud pública, fue el motor para que los análisis filogenéticos sufrieran un crecimiento exponencial.El objetivo de esta revisión fue describir el modo de funcionamiento y las bondades de la herramienta Nextstrain, así como el secuenciamiento del virus SARS-CoV-2, causante de la enfermedad- en el mundo.

Se empleó la interfaz de la página de Nextstrain para mostrar sus funcionalidades y los modos de visualización de datos, y se descargaron estos de la web GISAID para mostrar la cantidad de secuenciamientos del SARS-CoV-2 hasta la fecha. Nextstrain es un proyecto de código abierto creado por biólogos bioinformáticos, para aprovechar el potencial científico y de salud pública de los datos de genomas de patógenos. Nextstrain consiste en un conjunto de herramientas que toman secuencias sin procesar (en formato FASTA). Nextstrain realiza una alineación de secuencia de los datos de entrada en alineación de secuencia múltiple basada en la transformación rápida de Fourier. Se basa en el uso de dos softwares: Augur y Auspice.

Los autores concluyen que Nextstrain es una herramienta eficaz para mostrar datos epidemiológicos de manera simple para un público no especializado. Puede ser utilizado en la salud pública, ya que muestra datos en tiempo real de las epidemias y su distribución geográfica. Se puede emplear para dar seguimiento a los brotes como es el caso del COVID-19.

Vea el artículo completo en: Iglesias-Osores S, Alcántara-Mimbela M, Arce-Gil Z, Córdova-Rojas L, López-López E, Rafael-Heredia A. Nextstrain: una herramienta que analiza la epidemiología molecular del SARS-CoV-2. Revista Cubana de Información en Ciencias de la Salud [revista en Internet]. 2021 [citado 2021 Jun 30];32(2):[aprox. 0 p.]. Disponible en: http://www.rcics.sld.cu/index.php/acimed/article/view/1582